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La historia sigue a Okabe Rintarou un auto-proclamado científico loco y a sus amigos y compañeros de laboratorio. Okabe logra inventar un microondas(que apoda como “telefono-microondas) en el cual puede enviar mensajes al pasado(o según ellos “D-mails”). A partir de esto y de numerosos experimentos, Okabe va alterando el pasado y cambiándolo en función de las preferencias de sus amigos, lo cual no generará buenas consecuencias a largo plazo, cosa que Okabe tendrá que arreglar y regresar todo a la normalidad. La acción se lleva a cabo en Akihabara (el distrito comercial de anime, mangas y videojuegos más importante de Tokyo) y la línea del tiempo se sitúa en el verano de 2010.